莫諾提議在柏林召開下次大會，讓德國人驚訝之余，也頓感措手不及。隨后，德國人就是否辦會分成了兩派，他們的討論充分體現了國際史學大會在創始階段所遇到的危機，也從主辦國角度辯論了這樣的一個大會是否有必要存在下去，故德國人辦會的辯論是解讀史學大會早期歷史的理想樣本。在回國之后，柏林的多數歷史學家認為大會收效甚微，他們對把大會辦成常設機構持保留意見。
哈納克在給普魯士教育大臣的信中，則請求政府支持主辦大會。他說：“拒絕在羅馬的決定會開罪國際同行。先不論在柏林辦會的困難，但有利的結果是可行的，也值得期待，就目前形勢看，大會也可能在其他歐洲國家的首都召開，德國將失去對此機構施加影響的機會。”但哈納克還絕不僅僅是從國家利益和大會權力角度來看待辦會事宜的，他從更深層的學術事業的國際性方面繼續討論：“學術是國際性的事業，沒有秘密，它是幾千年前就出現的人類共同的事業。當經濟還在無數的藩籬和障礙之后沒有發揮作用的時候，學術就是國際性的了。當然，如果沒有大會，它將繼續保持國際性；倘若如此，它將錯過時代放在眼前的可行的便利。這個便利是學術交流除了出版和通信方式之外，還有活生生的人物對話。”哈納克把學術稱為“巨大的事業”，在各民族欲望膨脹的時代，沖突會越來越多，而“專業的和個人學術交琉，科學工作的和平競爭，可以在這方面防止和彌補一些沖突”。在一戰之前戰爭陰云密布的年代，哈納克闡述了學術交流所起到的和平作用。
以愛德華·梅耶、米歇爾·唐戈和奧托·欣茨為首的一批歷史學家上書普魯士教育大臣，力陳反對主辦會議的理由：“在我們看來，因為漫無目的，國際歷史科學大會是失敗的。……歷史深受政治和民族差別的影響，不可能存在共同交流的基礎。大會討論要么圍繞著毫無結果的方法論爭議，要么圍繞著中性的邊緣問題。……大會的經歷決不鼓勵我們朝著這個方向努力。海牙大會和巴黎大會以慘敗收場，甚至上一屆羅馬大會也沒有證明該機構的生存能力。”這幾位學者認為辦會將耗費國家的財力和學者的精力，故從公共利益出發，不應主辦大會。
普魯士教育部的買際掌權者是弗里德里希·阿爾索夫（1839—1908），他被譽為“德國大學制度的俾斯麥”，在教育界一言九鼎。阿爾索夫相信“科學連結各民族”，認為“從國際和解的角度”出發，普魯士和德意志帝國政府應該支持辦會。隨后，組委會成立，由賴因霍爾德·科瑟爾任主席，他是普魯士國家檔案館館長，也是一位歷史學家，腓特烈大王傳記的作者。科瑟爾的兩位助手是愛德華·梅耶和維拉莫維茨·莫倫道夫，他們是在蒙森之后德國最重要的古典學家。
柏林會議的參加者不足1000人，包括150名學生，外國學者不足總人數的1/4，以來自奧地利、俄國、英國和瑞典的學者居多，而法國和美國學者很少，甚至提議在柏林開會的莫諾也沒有參加。德意志帝國內政大臣兼普魯士副首相霍爾韋格出席了開幕式。
在會議組織方式上，柏林會議也有所改變。首先是減少了分組討論，而且不設史學方法論分會場，以減少無謂的爭執。八個分會場是：東方史、希臘、羅馬、中世紀和近代政治史、中世紀和近代思想文化史、教會史、藝術史和歷史輔助科學。再一個革新是每天中午召開一次全體會議，邀請著名學者發表演說，但受邀人只限于外賓，德國人不參加。形成對照的是，所有的分會場都由德國歷史學家主持。
這時關于蘭布雷希特爭論的高潮已經退卻，但余音猶存。蘭布雷希特與以“為何如此”的方法論代替蘭克的“如實直書”，他的歸納和演繹的分析法和蘭克的描寫與敘述法不同。蘭布雷希特想把歷史學科學化，馬克思主義歷史學家弗蘭茨·梅林把他歸作歷史唯物主義的外圍人物。
而蘭克的傳人迪特里希·沙菲爾（1845-1929）則繼續強調政治史的重要性，說只有集中于國家事務時，歷史學才具有科學特征，政治才是歷史發展的動力和真實內容。偉人和國家的政治成就應代替風俗習慣和物質條件的內容，成為歷史學的核心。
埃伯哈德?哥特海因（1853-1923）對此進行了批判，他是狄爾泰（Wilhelm Dilthey，1833—1911，德國哲學家，歷史學家，心理學家，社會學家，生命哲學的創始人）的學生，也被布克哈特視為接班人。哥特海因提出了綜合文化史概念，說歷史要研究經濟、社會、宗教、政治和城市題目，和宗教、藝術、法律、經濟一樣，國家只是人際交往的特殊形式，理解歷史的關鍵在政治之外。
蘭布雷希特本人還出席了柏林會議，他介紹了他的社會心理學研究計劃。他主持的萊布尼茨文化和普世史研究所正在擴展到非歐洲文化，進行包容了宗教、藝術和經濟史的跨學科研究。蘭布雷希特對歷史思想和歷史書寫的新探索，遭到了德國同行壓倒性的批判。但在德國之外，他聲望卓著。對于來柏林的外國學者來說，萊布尼茨研究所的新穎的綜合歷史概念、大批的出版物和蘭布雷希特的天才領導才能頗具吸引力。贊同他的有法國《綜合歷史評論》雜志的貝爾、比利時的亨利·皮朗、挪威的哈弗爾丹·科特（1926當年選第一屆國際歷史科學委員會主席）、羅馬尼亞的尼古拉·耶爾格。
其他重要的發言還有：美國駐德國大使大衛·希爾的“歷史學家的倫理作用”、新康德主義者理查德·費思特的“歷史學的世俗化”、弗萊堡大學的海因里希·菲克的“宗教改革前史研究狀況”、塞巴斯蒂安·莫克爾的“論啟蒙運動時期的天主教”、哈曼·剛克爾的“舊約圣經時代的埃及”、美國巴爾的摩的亞述學家保羅·霍普特否定新約圣經起源于猶太人的發言、埃里克·馬克對俾斯麥青年時代的論述、法國埃及學家蓋斯頓·麥斯佩羅介紹對尼羅河流域紀念物的保護情況、羅斯托夫采夫關于羅馬隸農制的發言、弗雷德里克·波洛克爵士論中世紀英國行政機構的發言、亨利·皮朗對羅馬-日耳曼式的勃艮第中央集權國家的討論。
與往屆相比，人物傳記和外交史類的論文數量大減，這與組委會主張避免沖突的安排主旨有關。組織者的目的是讓大會留下嚴謹的科學工作的特征，事實上他們做到了。參會的美國學者哈斯金斯評價柏林會議把“10年之前業余人士的聚會轉變為一個井然有序的科學團體”。
