1990年8月26日，第17屆國際歷史科學大會在西班牙的馬德里召開，西班牙國王胡安·卡洛斯一世擔任此次大會的名譽主席。卡地茲大學教授M.L.奎薩達在開幕式發表演講，題目為“哥倫布的西班牙環境”，提醒出席大會的3000多名學者，500年前，哥倫布發現美洲跨出了走向世界的第一步。
當時國際局勢急劇變幻，國際政治環境對馬德里大會有很大的影響。鑒于東歐國家的領土變動，國際歷史科學委員會需要對會員關系進行調整，卻也不是迫在眉睫。國際歷史科學委員會和執行局的人事沒有做太大的變動。事實上，出席馬德里大會的原信奉馬克思列寧主義國家的歷史學家的數量比之前增加了很多。
會議上，國際歷史科學委員會的一些成員呼吁運用一種全球方法研究過去，超越相對狹隘的關于馬克思列寧主義與西方民主制對抗的研究。因此，在這次大會上，“革命與改革”被安排在第三部分。第17屆國際歷史科學大會秘書長阿維勒夫人也認為，大會中應增加一些有關全球史的主題，在她的建議下，“歐洲人（哥倫布等）發現美洲及其后果”作為大會的第一主題，并產生了很大的反響。
這次會議更加關注與現實有關的一些問題。英國學者巴克教授說：“史學家不只是進行考證工作，更應該像經濟學家和政治學家那樣對社會發展提出看法。有所作為。希望各國史學家多考慮21世紀的問題。”他提出了一個嶄新的、全球性的課題——“歷史上的大城市：政治、經濟與社會的發展”，作為大會的第二主題。
第三個主題即“革命或改革”，許多來自原社會主義陣營的歷史學家借此機會捍衛他們的觀點，但是這個話題的熱度已經消失，很多西方歷史學家認為在這個問題上已經沒有討論的必要了。
方法論的問題依然是此次大會的一個重要部分。因此，大會中組織了“人類學和社會史、文化史”討論會。此外，大會上對非歐國家的歷史給予了很大的關注。歷史編纂學歷史委員會組織了一次討論會“西方與非西方歷史編纂學”，主要研究了19世紀和20世紀早期“第三世界”歷史研究的出現和發展。這個主題與國際歷史科學委員會執行局的想法一致，即超越傳統歐洲范圍的限制吸納全世界的歷史學家參與。
由于國際局勢的變化，馬克思主義史家與西方歷史學家之間的對抗己經失去了重要性，而南北之間以及工業化國家與相對不發達的國家之間的矛盾開始日益凸顯。但是，從此次大會中，我們可以看到國際歷史科學大會也開始朝著埃德曼為其設定的“歷史學家的全球共同體”目標前進，歷史學的全球化趨勢嶄露頭角。
國際歷史科學委員會附屬專業組織編年史委員會組織了一次討論會“西方與非西方的歷史編纂學比較”，探討了19世紀和20世紀初“第三世界”國家歷史研究的出現和發展。這個討論會的主旨與國際歷史科學大會力圖超越歐洲視野，吸納世界各地歷史學家參與的目標一致。中國學者張芝聯發表的論文是《中國歷史編纂與西方》，印度和印度尼西亞的學者也討論了各自國家歷史編纂學的情況，還有一些學者討論了阿拉伯和現代非洲歷史編纂學的情況。但是由于經費困難等種種原因的限制，非歐國家的參與者仍然很少。
中國史學家劉大年、日本學者永原慶二和印度學者夏爾瑪共同主持了“亞洲封建制度專題討論會”，這是第一個由亞洲國家主持的專題討論會。與會的亞洲學者積極地參加討論。如中國的馬克壵和林甘泉分別以《中國和西歐封建制度比較研究》和《租佃制與君主專制：中國封建制度若干特點的考察》探討中西歐封建制度。此外，亞非拉學者踴躍地參加到“歷史家與保護歷史文化遺產”、“革命與改革”、“黑非洲國家和帝國”等討論會上。
1990年之后，國際史學會主席巴克雄心勃勃，想在創新國際史學會工作方面做出一番事業。他設計在每５年一屆的大會之間多開小型研討會，在歐洲之外的國家開展更多的活動。但這些想法遭到秘書長貝達里達和司庫杜波依斯的反對，貝達里達說他目前的工作已經不堪重負，而杜波依斯說限于財力，這些會議只能依賴各國委員會，而亞洲、非洲和拉美的許多國家根本沒有史學會，也沒有財力承擔會議。1991年9月12日至15日，執行局在柏林開會，檢討國際史學會和大會的工作，巴克起草了“國際史學會的現狀與未來”的報告。他提出大會要年輕化，青年歷史學家是生力軍，創造力旺盛，但是他們沒有機會在大會嶄露頭角。他還批評了研討會都是在讀稿子，根本不給聽眾討論的時間。巴克前一個問題是創見，后一個問題幾乎是歷屆大會的一個通病，一個老問題。
1992年9月在布拉格舉行的國際史學會全體會議上，繼續討論工作機制改革的問題，中心問題是國際史學會與各國史學會之間的關系。在題目方面，執行局基本都是依賴于各國史學會的建議；在人選方面的問題是，年輕學者基本都被各國史學會“過濾”掉了。貝達里達談了他的苦衷，他只有一個助手，雖疲于奔命地聯系各國史學會，但是，“它們有四分之一到四分之一是積極合作的，相當多的是消極的，保持著沉默，更不用說那些只是存在于文件上的”。國際史學會的確沒有權力，它的主要影響就是篩選各國史學會和各分支委員會提出的議題。貝達里達還談到了一些新問題，從蘇東地區原社會主義國家新獨立的克羅地亞、斯洛文尼亞、烏克蘭和波羅的海三國在等待加入國際史學會。而阿拉伯國家、許多非洲和拉美國家沒有成立國家史學會的基礎，很難開展工作。
但這位秘書長表述要致力于年輕化工作，加強信息交流，在制度層面上增進與各國史學家的接觸，“因為有著共同的科學要求和標準，全世界的歷史學家正在聯合起來”。年輕化是國際歷史科學大會自20世紀90年代以來一貫堅持的一個努力目標，對于即將召開的第22屆大會，國際史學會稱“特別歡迎年輕歷史學家結群與會”。（見國際史學會官網：http://www.cish.org/EN/congrew/index.html）。另據介紹，第22屆大會從2008年討論申辦，到申辦文件的準備和申辦“承諾”的條件，“如何資助國外年輕學者，甚至包括博士生參會”始終是一個重要議題，甚至是經常性議題。
這次全體會議還修改了章程，這是迄今最后一次修改。以前其宗旨是“通過國際合作促進歷史科學發展”，現在的界定就是在其官方網站的內容，出更加清晰：“國際歷史科學委員會在歷史研究和教學領域內維護思想和言論自由，反對濫用歷史，盡可能保障其成員遵守職業道德準則。”
1994年9月，在洛桑的執行局會議，巴克又有新的設想，有的沒有實現，有的經過調整得以實現。他建議把秘書長工作劃分為二，一個行政秘書，一個秘書長，后者負責國際史學會與各國重要史學家的聯系，以此建立一個世界性的聯系網。此項提議未被采納。
